CGI からのHTML出力に SSI コマンド（のつもりのHTMLコメント）を含めた時に、それがサーバにSSIコマンドとして期待通り解釈されるのか？という問題。
結構そういった検索ワードで辿り着く方が多いようなのですが…
結論
できません！
CGIを使っている場合はCGIプログラムで処理しましょう…。
ものすごく単純かつ無防備に処理するとすると、例えば以下の代りに
<!–#include virtual=”file.txt” –>
Perl のCGIであれば
print `cat file.txt`;
と書けます。